La SECF está regida por la Junta Directiva, que se compone de un Presidente, un Presidente Electo, un Presidente Saliente y cuatro vocales. El Presidente tendrá un mandato de dos años. El Presidente Electo formará parte de la junta, tras su elección, por un periodo de dos años, tras los cuales pasará automáticamente al cargo de Presidente. El Presidente, tras su mandato, pasará automáticamente al cargo de Presidente Saliente y formará parte de la Junta Directiva durante los dos años siguientes a su cese como Presidente. De entre los vocales se designará un Secretario y un Tesorero de la Sociedad. Además, formará parte de la Junta con voz, pero sin voto, el editor de la revista Fisiología.
| Presidente: |
Vicente Martínez Perea (Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |
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| Presidente Electo: |
Jesús Francisco Rodríguez Huertas (Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |
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| Presidenta Saliente: |
Meritxell López Gallardo (Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |
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| Secretaria: | Carmen Piernas Sánchez (Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |  |
| Tesorera: |
Belen Gago Calderón(Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |
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| Vocal: | Eva María Marco López (Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |  |
| Vocal: | Antonio González Mateos (Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.) |  |